El año 1954, el profesor judío Eleazar Sukenik, arqueólogo de la Universidad Hebrea de Jerusalén, dándose cuenta de su valor histórico, compró unos rollos de pergamino encontrados en las cuevas de Qumran, próximas al mar Muerto. Los primeros siete rollos de pergamino, que con certeza proceden de Qumrán, los encontraron por casualidad dos pastores beduinos de la tribu Ta'amireh en 1947 en una de las cuevas, mientras perseguían a una de sus cabras. Estos rollos se vendieron troceados para aumentar su precio a dos anticuarios de Belén. Cuatro de ellos se revendieron por una pequeña cantidad al archimandrita del monasterio sirio-ortodoxo de San Marcos en Jerusalén, Atanasio Josué Samuel (más conocido como Mar Samuel). Los tres siguientes rollos terminaron en manos del profesor judío Eleazar Sukenik, arqueólogo de la Universidad Hebrea de Jerusalén (en íntimo contacto con el Vaticano), quien, dándose cuenta de su valor, los compró en 1954. Luego se publicaron copias de los rollos, despertando un interés masivo por parte de arqueólogos bíblicos. La publicación de las copias daría como resultado el hallazgo de otros seiscientos pergaminos y cientos de fragmentos más.
Los manuscritos datan en su mayoría de los años 250 a. C. a 66 d. C. Esto los ubica entre los textos más antiguos del Antiguo Testamento bíblico disponibles en lengua hebrea; y también permite estudiar importantes fuentes teológicas y organizativas del judeocristianismo, dos conceptos inseparables. Se sabe que los ocultaron los esenios para preservarlos de la guerra de los romanos contra los rebeldes judíos en aquellos años.
En febrero de 2017, arqueólogos de la Universidad Hebrea de Jerusalén anunciaron el descubrimiento de la cueva número doce en unas colinas al oeste de Qumrán, cerca de la orilla noroeste del Mar Muerto. Si bien no se encontraron manuscritos en la cueva, se hallaron frascos de almacenamiento vacíos. Estos estaban rotos y advierten que el contenido se retiró con anterioridad. Además, se encontraron hachas de hierro que serían de alrededor del año 1950, lo que da a entender que la cueva fue saqueada intencionadamente por manos expertas en el tema. Pero lo más curioso del caso de los manuscritos esenios de Qumran es que han estado en poder de la Iglesia y, en su mayoría, han sido ocultados a los ojos de los investigadores imparciales.
Pese a ello, sabemos que eruditos esenios escribieron sobre cuero y cobre laminado los Rollos Manuscritos del Mar Muerto, una colección de textos en hebreo y arameo que contienen ideas también expresadas en el Talmud judío, en los evangelios apócrifos del Antiguo Testamento y en los del Nuevo Testamento; así como personajes y sucesos del periodo helenista y romano en la antigua historia judía, y numerosos conceptos religiosos de los antiguos persas, fuente de la que bebió el pueblo de Judá exiliado en Babilonia a finales del siglo VI antes de Cristo...